Ces flux permettent le transfert efficace des nutriments et de l'énergie nécessaire à la croissance des plantes et au maintien de la vie animale. Tout déséquilibre peut inhiber la productivité et conduire à des problèmes écologiques comme l'eutrophisation des eaux due à un excès de nutriments.
Un écosystème naturel fonctionne de manière autonome sans intervention humaine, tandis qu'un agrosystème nécessite une gestion continue pour optimiser la production. Cela inclut l'utilisation d'intrants tels que l'eau et les engrais, affectant leur équilibre écologique et nécessitant une attention particulière pour limiter les impacts environnementaux.
L'agriculture durable met en œuvre des pratiques comme l'agroforesterie et la rotation des cultures pour accroître la structure habitat disponible. Elle crée des conditions propices à une diversité plus vaste d'organismes, notamment les insectes pollinisateurs, contribuant à des écosystèmes agricoles équilibrés.
La permaculture, l'agroforesterie, l'usage contrôlé d'engrais organiques et la réduction des labours constituent certaines stratégies optimales. Elles aiguisent l'efficience énergétique de l'exploitation agricole complètement en phase avec le respect des principes écologiques et économiques.